עבודת הגמר שלו לתואר דוקטור לרפואה עסקה בהשוואה בין תורת הרפואה של הרמב"ם לממצאי המחקר המודרני וכללה סקירה של למעלה ממאה מחקרים מדעיים והשוואתם למשנתו של הרמב"ם. עבודה זו הוכרה כעבודת גמר מצטיינת.
כבר בהיותו סטודנט לרפואה היה פעיל חברתית ובעל מודעות לסביבה ולבריאות. הוא כיהן כיו"ר אגודת הסטודנטים לרפואה בטכניון, הקים בגינת הפקולטה לרפואה גינה של צמחי מרפא ועסק בקידום בריאות בקרב הציבור. באותו זמן אף לימד תזונה במסגרת קורסי גמול השתלמות למורים לחינוך גופני והרצה בקביעות בנושאי תזונה ובריאות במלון הספא "יערות הכרמל".
כבר בתחילת לימודי הרפואה הבין שלרפואה המערבית יש כלים מעולים לטיפול במצבי חירום אך בכל הקשור למחלות כרוניות אין לרפואה המערבית פתרונות אמיתיים. לאור זאת, לאורך כל לימודי הרפואה בטכניון, למד באופן עצמאי מקריאה של עשרות ספרים ואלפי מחקרים מדעיים על עולם הרפואה התזונתית.
לאחר לימודי הרפואה החל לטפל באנשים הסובלים ממחלות כרוניות באמצעות טיפול תזונתי, תוספי תזונה, פרוטוקולים לניקוי רעלים ועוד.
ב- 2013, בנוסף לפעילות המרכז שכללה טיפול וליווי אישי, הרצאות, ימי עיון לציבור, סדנאות ניקוי רעלים ואתר אינטרנט אינפורמטיבי מקיף, פתח בית ספר ללימודי רפואה תזונתית. בית הספר מלמד ומכשיר מטפלים בבריאות טבעית על פי גישת הרמב"ם ולאור ממצאי המדע המודרני. הלימודים מתרכזים בעולם התזונה על כל רזיו אך גם מחברים את עולם הנפש והרוח.
בנוסף להכשרת מטפלים, ד"ר גיל יוסף שחר, מבצע תחקירים בנושאי בריאות שאינם מבוצעים ע"י הרשויות.
ד"ר גיל יוסף שחר ניחן בכושר הסברה יוצא דופן ויכולת להעביר נושאים מורכבים בצורה בהירה ומובנת לכל.
הרצאותיו זוכות לתשבחות רבות.
מעבר לעבודתו כראש המרכז לרפואת הרמב"ם, ד"ר שחר הינו העורך המדעי של מספר ספרי בריאות:
- ניקוי רעלים (הוצאת פוקוס 2010)
- האמת על התרופות (הוצאת פוקוס 2014)
- ריפוי מחלות כרוניות – מחלום למציאות (הוצאת פוקוס 2015)
- בלוטת התריס – ריפוי טבעי (יצא לאור ב- 2016)